Vườn Quốc gia phong Nha - Kẻ Bàng, nơi được mệnh danh là mẫu chuẩn của hệ sinh thái rừng nhiệt đới nguyên sinh còn sót lại trên núi đá vôi lớn nhất của Việt Nam,  với 93,8 % diện tích rừng che phủ, trong đó rừng nguyên sinh chưa bị tác động, hoặc ít bị tác động là 88,3 % đang chứa đựng nhiều giá trị tiềm ẩn về đa dạng sinh học chưa được khám phá.

 

Với khu hệ thực vật phong phú và đa dạng gồm 2.935 loài thực  vật  thuộc 1.002 chi, 198 họ. Có nhiều loài đặc hữu và quý hiếm nằm trong sách đỏ Việt Nam và  sách đỏ thế gới (IUCN). Đặc biệt có một chi đặc hữu đơn loài thuộc họ Thầu dầu (Euphorbiaceae) đó là loài Bần giác, còn gọi là Noi có tên khoa học Oligoceras eberhardtii và 1 loài đặc hữu hẹp thuộc ngành hạt trần mới chỉ thấy trên núi đá vôi ở Việt Nam là loài Bách xanh núi đá (Calocedrus rupestris) có quần thể rộng lớn (gần 4.500 ha) và cổ sơ với tuổi nhiều cây trên 500 năm tuổi, được các nhà khoa học đánh giá là độc nhất có tầm quan trọng toàn cầu. Ngoài ra, có một loài Táu đá (Hopea sp.) là loài đặc hữu chỉ có ở Phong Nha - Kẻ Bàng đang được phân loại để công bố loài mới.

 

Một nét đặc trưng  của khu hệ thực vật Phong Nha - Kẻ Bàng là sự đa dạng về yếu tố địa lý, về dạng sống và đa dạng về các kiểu thảm. Theo khung phân loại các yếu tố địa lý thực vật của Nguyễn Nghĩa Thìn 1999 và Lê Trần Chấn 1999. Thực vật ở Phong Nha – Kẻ Bàng gồm có 18 yếu tố địa lý khác nhau, trong đó yếu tố đặc hữu Đông Dương chiếm nhiều loài nhất với 509 loài và thấp nhất là yếu tố ôn Bắc đới chỉ có 1 loài.

 

Về kiểu thảm. Dựa theo hệ thống phân loại và vẽ bản đồ các kiểu thảm thực vật ở Châu Á của Tổ chức Lương thực Thế giới (FAO, 1989), thảm thực vật rừng ở VQG Phong Nha - Kẻ Bàng chia thành 10 kiểu thảm chủ yếu như: Rừng kín thư­ờng xanh mưa ẩm nhiệt đới chủ yếu cây lá rộng trên núi đá vôi >700m; Rừng kín thư­ờng xanh mưa ẩm nhiệt đới chủ yếu cây lá rộng trên núi đất >700m; Rừng kín nhiệt đới chủ yếu cây lá kim trên núi đá vôi >700m; Rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới chủ yếu cây lá rộng trên núi đất; Rừng thứ sinh nhân tác trên núi đá vôi…

 

Khu hệ thực vật Phong Nha - Kẻ Bàng thực sự phong phú và đa dạng. Được xem như là một "Kho lưu trữ các nguồn gen hoang dại" đặc trưng của hệ sinh thái rừng nhiệt đới trên núi đá vôi lớn nhất tại Việt Nam.